در وهله اول مزایایی از قبیل توسعه عدالت مالیاتی، بهبود درآمدهای دولت و محدود نمودن سفته بازی و کنترل بازارها در خصوص مزایای این طرح مطرح شده است؛ اما در بررسی این موضوع لازم است به مالیات به عنوان یک ابزار سیاستی نگریسته شود و پیامدهای بلندمدت آن مورد توجه قرار گیرد. برای این مهم لازم است عواملی مانند زیرساخت های اجرایی، تاثیرات ثانویه، کارکرد آن در شرایط ناپایدار فعلی اقتصاد کشور و در نهایت تاثیر آن بر بازار سهام در صورت معافیت از مالیات پرداخته شود.

در حال حاضر به دلیل عدم تکامل پایگاه های داده ای در کشور، نظارت تکامل نیافته برتراکنش ها و همچنین شکل گیری بازارهای غیررسمی، تحقق تاثیر این مالیات بر بازارها می تواند زمان بر باشد. همچنین در خصوص تاثیر این طرح بر فعالیت های سوداگرانه و تورم ناشی از این فعالیت ها ذکر این نکته ضروری است که براساس آن چه که در سال های اخیر تجربه شده است، رفتار سوداگرانه و رسوخ این موضوع در آحاد جامعه بیش از آن که عامل ایجاد تورم باشد؛ معلول وضعیت نابسامان اقتصادی و پولی است که بخش زیاد آن ناشی از پولی شدن کسری بودجه دولت است. در یک نگاه کلی می توان تورم موجود در جامعه را متناسب با وضعیت متغیرهای اقتصادی کشور دانست و بازارها بسته به میزان اختلال در سطح عرضه با ضریبی کمتر یا بیشتر از یک نسبت به تورم رشد می کردند. بنابراین می توان گفت متوقف کردن رفتار سوداگرانه بیش از آن که نیاز به تصویب راهکارهای مالیاتی داشته باشد، نیازمند بهبود فضای اقتصادی و مدیریت اقتصادی دولت است. با این توضیح در صورت وضع مالیات بر عایدی سرمایه ، توسعه بازارهای غیرشفاف، افزایش مبادلات غیرریالی، ایجاد رکود تورمی و در سناریو بدبینانه تشدید خروج سرمایه از کشور می تواند به عنوان گزاره هایی در خصوص اثر ثانویه این طرح مطرح گردد.

اثر تصویب مالیات بر عایدی سرمایه بر بازار سهام از دو منظر می تواند مورد بررسی قرار گیرد. اول تاثیر این طرح بر کلیت فضای اقتصادی و بخش واقعی اقتصاد به عنوان مبنای ارزش گذاری بازار سهام و همچنین رونق معاملاتی بازار سهام به واسطه ایجاد رکود در سایر بازارها و انتقال بخشی از فضای سفته بازی به بازار سهام. در خصوص تاثیر بر فضای کلی اقتصاد می توان گفت عدم حرکت منابع مالی به سمت بخش های مولد اقتصادی و تولید بیش از آن که ناشی از رونق فعالیت های سفته بازانه باشد؛ به دلیل مشکلات ساختاری در فضای اقتصادی کشور به واسطه عوامل داخلی و خارجی و عدم اطمینان موجود در این عرصه است. بنابراین نمی توان انتظار داشت صرفاً به واسطه چنین مالیاتی بخش واقعی اقتصاد دچار رشد شود. همچنین بازده انتظاری در بازار سهام تحت تاثیر متغیرهای کلان اقتصادی مانند بازده بدون ریسک، تورم و ریسک سیستماتیک و غیرسیستماتیک صنایع است که تحت تاثیر این موضوع نخواهند بود. بنابراین اعمال مالیات بر عایدی سرمایه بر دارایی های غیرمولد نمی تواند موجب تغییر مبانی ارزشگذاری سهام گردد. در خصوص هدایت بخشی از تقاضای سفته بازی به بورس، این امر با توجه به شرایط امروز بازار سرمایه بعد از رکود قریب به سه سال این بازار در کوتاه مدت دور از ذهن نخواهد بود؛ اما میزان این امر تابع میزان بخش بندی موجود در بازارها است. کوچ سرمایه گذاران خرد بین بازارها تابع میزان وابستگی آن ها به هر بازار است. بطور سنتی سرمایه گذاران معمولاً عادت به یک بازار داشته و معمولا نسبت به تغییر آن اینرسی دارند. اما باز هم با توجه به تجربه گذشته این امکان وجود دارد که بخشی از تقاضای سفته بازی به این بازار منتقل شود و در کوتاه مدت رونق نسبی در معاملات ایجاد کند. اما در بلندمدت عوامل ارزشی هستند که جهت این بازار را تعیین خواهند کرد. همچنین با فرض ایجاد رونق قابل توجه در بازار سهام لازم است تمهیدات مقتضی جهت بهره مندی بخش واقعی اقتصاد و فضای تامین مالی تولید از این رونق بازار ثانویه اتخاذ گردد و همچنین صیانت لازم از اعتماد و سرمایه اشخاص در این بازار به عمل آید تا این موضوع منجر به تجربه تلخ گذشته افراد در این بازار نشود.  در این صورت می توان انتظار داشت که مالیات بر عایدی بتواند به عنوان فاکتوری موثر بر رونق اقتصادی نقش آفرینی نماید.