استفاده از فیلترشکن‌ از زمان آغاز فیلترینگ در کشور گسترش پیدا کرد که آلودگی سیستم، شنود ترافیک رد و بدل شده و نقض حریم خصوصی از اصلی‌ترین مشکلات ناشی از استفاده از آنهاست.

معاون امنیت سازمان فناوری اطلاعات ایران گفت: ۹۹ درصد از ابزارهای فیلترشکن که این روزها در کشور مورد استفاده قرار می‌گیرند، برای سوء استفاده طراحی می‌شوند.

کاربران هنگام استفاده از درگاه‌های الکترونیکی بانکی و سایت‌های داخلی مثل سایت یارانه، کنکور و دانشگاهها که اطلاعات حساسی دارند، باید فیلترشکن خود را خاموش کنند تا از سایت‌هایی که به دلیل فیشینگ فیلتر شده‌اند، آگاهی پیدا کرده و همچنین از ارسال نام کاربری و رمز خود به سرورهای وی‌پی‌ان که رمزگذاری نشده و احتمال سرقت از آن‌ها وجود دارد، پرهیز کنند.

علی‌رغم تصمیم برای فیلترینگ برخی شبکه‌های اجتماعی و پیام‌رسان‌های خارجی، بخشی از کاربران همچنان با بهره‌گیری از فیلترشکن عضو این برنامه‌ها هستند و این سوال همواره مطرح بوده که آیا قانون صراحتا استفاده از فیلترشکن‌ها و فروش آن‌ها را ممنوع کرده است؟