با توجه به بخشنامه بانک مرکزی مبنی بر عدم برداشت اقساط قرضالحسنه از حساب مشتریان، بانک توسعه تعاون اقدام به غیرفعال نمودن سیستم خودکار برداشت اقساط نموده است و در خصوص تسهیلات کسب و کارهای آسیب دیده نیز که لیست آنها اعلام شده است توسط شعب به صورت دستی و یا با اعلام مشتریان صورت گرفته است.